一、集体土地房屋拆迁纠纷的处理——通过立法和体制途径
(一)明确规定公共利益的范围，以限制借“公共利益”目的滥用征收权的现象。
(二)建立公平合理的农民房屋拆迁补偿标准。坚持公平合理的补偿原则，以弥补农民使用的宅基地征收和集体经济组织收回宅基地的实际损失。在区分“公益目的”和“商业目的”的用地的基础上，按照原则性和灵活性的规定，分别制定出不同的最低补偿标准，充分保障农民的合法权益。同时，赋予宅基地使用者以真正民事意义上的物权，对宅基地所有者和使用者分别进行补偿。协商一致选择评估资质机构，对收征地上的被拆迁房进行市场评估。
(三)建立健全农民房屋拆迁的相关程序。设立征收和收回宅基地的公告或通知程序，保障农民的知情权和宅基地权利人的参与权，异议权。增设被拆迁农户的申辩权，充分听取宅基地所有人和使用人的意见，特别应使宅基地使用人有获得表达意见的机会。建立被拆迁农户的行政、司法救济权，避免地方政府同时充当决策者、规则制定者、征收方及纠纷的最后裁决者的多种角色。
二、集体土地房屋拆迁纠纷的处理——行政机关依法拆迁
(一)对拆迁主体、建设项目和建设用地许可证的核发进行严格的审查，避免公共利益的滥用。
(二)对拆迁人的拆迁安置补偿方案进行严格的审查，保证拆者有住房。
(三)对拆迁人与被拆迁农户订立的拆迁安置补偿合同进行严格的审查，使合同符合规范化的要求，发生纠纷便于操作;对拆迁安置补偿合同的履行情况进行监督，减少此类纠纷的发生。
三、集体土地房屋拆迁纠纷的处理——保护当事人的合法权益
(一)应建立专门审理农民房屋拆迁纠纷案件的合议庭;加强审判人员的学习和培训，提高承办法官办理该类案件的能力和技巧，逐步向审判的专业化、专门化发展;加强对此类纠纷案件的调查研究，做好司法分析，研究解决对策，尽可能实现司法的统一性。
(二)在当前法律、法规没有明确规定的情况下，审判人员在处理此类案件时，不仅要依照民法通则、合同法等民事法律的有关规定，来界定当事人之间的民事法律行为，而且还要参照土地管理法、城市房屋拆迁管理条例等行政法律、法规的规定，保护当事人平等的诉讼权利，按照等价有偿、公平合理的原则，正确处理农民房屋拆迁纠纷，保护当事人的合法权益，制裁违法行为。
(三)加强与有关部门的配合，协同作战，解决纠纷。此类案件涉及社会的方方面面，与千家万户农民的切身利益息息相关，往往以群体性诉讼的方式出现。因此，在审理案件中，人民法院应主动向当地党委、人大、政府汇报，与有关单位密切配合，充分动用政治、行政、法律等各种手段，多管齐下，解决纠纷，有效避免群体性上访、静坐等事件发生。
集体经济组织宅基地使用权出让合同具有行政和合同双重性质，是行政与合同的有机结合，由此引起的争议既不同于因行政机关单方的具体行政行为引起的争议，也不同于因平等主体之间所签订的民事合同引起的争议。在处理集体土地房屋拆迁纠纷时，最好是寻求律师的帮助，律师可以为当事人提供全面的法律服务，帮助当事人有效的处理集体土地房屋拆迁纠纷，维护当事人的权益。
